Niklaus Eggenberger a fait des études de sciences politiques/relations internationales à l’Université de Saint-Gall (HSG). Sa thèse intitulée „Die gesellschaftliche Entwicklung Kubas zwischen Anspruch und Wirklichkeit: Eine Analyse der politischen Sozialisationsinstanzen und ihrer Wirkungen“ (Verlag Paul Haupt) lui a permis d’obtenir le titre de dr. rer. publ. HSG (2002). De 1997 à 1999, il a fait de la recherche approfondie sur le terrain à Cuba. N. Eggenberger a suivi le cours post-grade dans le domaine du développement et de la coopération (NADEL) à l’EPF de Zurich (2003-2005) et a participé aux cours de formation continue dans le domaine de la planification de projets, du monitoring, de l’évaluation et du controlling à la DDC (2003).

Durant la préparation de son doctorat, il a travaillé comme collaborateur scientifique à la HSG à la chaire de sciences politiques dans le domaine particulier des relations internationales. Il a enseigné en outre l’économie publique et la politique économique au centre de formation de Saint-Gall spécialisé dans la formation des cadres, le management et l’informatique. De 2002 à 2005, il a travaillé à titre extra-professionnel comme chef de projet chez Gerster Consulting dans le cadre de différents mandats de la DDC et du SECO. Depuis 2003, N. Eggenberger est responsable à la SAD de la coopération avec l’Iran. Il a été élu au 1er janvier 2007 à la fonction de directeur de la SAD.

N. Eggenberger s’engage bénévolement dans le programme de tutorat de l’Université de Saint-Gall ainsi que comme responsable de projet et de membre du comité de l’ONG Zunzún. Il est membre de la « Schweizerische Gesellschaft Mittleren Osten und Islamische Kulturen ».