Niklaus Eggenberger studierte Staatswissenschaften/Internationale Beziehungen an der Universität St.Gallen (HSG). Mit der Dissertation „Die gesellschaftliche Entwicklung Kubas zwischen Anspruch und Wirklichkeit: Eine Analyse der politischen Sozialisationsinstanzen und ihrer Wirkungen“ (Verlag Paul Haupt) promovierte er zum Dr. rer. publ. HSG (2002). Von 1997 bis 1999 betrieb er umfassende Feldforschung in Kuba. N. Eggenberger absolvierte den Zertifikatslehrgang in Entwicklung und Zusammenarbeit (NADEL) an der ETH Zürich (2003-2005) und besuchte Weiterbildungskurse in Projektplanung, Monitoring, Evaluation und Controlling bei der DEZA (2003).

Während der Doktoratszeit arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Politikwissenschaft mit besonderer Berücksichtigung der Internationalen Beziehungen der HSG. Daneben unterrichtete er am Bildungszentrum für Kader-, Management- & Informatikausbildung in St.Gallen Volkswirtschaftslehre und Wirtschaftspolitik. Zwischen 2002 und 2005 arbeitete er als nebenamtlicher Projektleiter bei Gerster Consulting in verschiedenen Mandaten der DEZA und des SECO. Seit 2003 ist N. Eggenberger bei der SAD für die Zusammenarbeit mit Iran verantwortlich. Per 1. Januar 2007 wurde er zum Geschäftsführer der SAD gewählt.

N. Eggenberger engagiert sich ehrenamtlich im Mentoringprogramm der Universität St.Gallen sowie als Projektverantwortlicher und Vorstandsmitglied der schweizerischen NGO Zunzún.

N. Eggenberger ist Mitglied der Schweizerischen Gesellschaft Mittleren Osten und Islamische Kulturen.